Les apports chimiques et microbiologiques du fleuve Ogooué sur ses mangroves
Doctorant en cotutelle avec l’Université des Sciences et Techniques de Masuku -USTM (Gabon) & au laboratoire MIO rattaché à l’École Doctorale 548 « Mer & Sciences » de l’université de Toulon (France)
soutiendra sa thèse en vue de l’obtention du Grade de Docteur, sous la direction de
Monsieur Stéphane MOUNIER, Maitre de Conférences-HDR, Université de Toulon (France)
&
Monsieur Joseph-Privat ONDO, Maitre de Conférences-HDR, Université des Sciences et Techniques de Masuku -USTM (Gabon)
Vendredi 17 juillet 2026 à 14h00, A l’Université de Toulon – Campus La garde – Bâtiment Y1 – Amphi Y1.018
Lien vers la visio : https://ird-fr.zoom.us/j/95658918911?pwd=LEROYzJW7gtM0yN5KYw5d3batYL0gx.1
Devant un jury composé de
- M. Nicolas MARMIER, Professeur des universités, Université Côte d’Azur (France), Rapporteur
- M. Olivier GROS, Professeur des universités, Université de Antilles (France), Rapporteur
- M. Alain DOLA, Directeur de recherche, CNRS (France), Examinateur
- M. Louis-Clément OBAME ENGONGA, Professeur des universités, Université des Sciences et Techniques de Masuku (Gabon), Examinateur
- Mme Isabelle NAVARRO, Chargée de recherche, IRD (France), Examinatrice
- Mme Estelle DUMONT, Maîtresse assistante Université des Sciences et Techniques de Masuku (Gabon), Co-encadrante de thèse
- M. Joseph Privat ONDO, Maître de conférences-HDR, Université des Sciences et Techniques de Masuku (Gabon), Codirecteur de thèse
- M. Stéphane MOUNIER, Maître de conférences-HDR, Université de Toulon (France), Directeur de thèse
Résumé :
Les sédiments des rivières et des mangroves agissent comme le réservoir écologique, ils accumulent les métaux issus de l’activité humaine (mines, industries, agriculture, villes). Mais ce piégeage n’est pas figé. Quand les conditions changent : climat, marées, dragage. Ces métaux peuvent être relâchés dans l’eau, contaminer les poissons et, à terme, remonter jusqu’à notre assiette.
Au Gabon, le fleuve Ogooué traverse précisément ce type de situation : il prend naissance dans une zone minière (manganèse, or), traverse des zones rurales et urbaines, puis se jette dans l’océan Atlantique, alimentant l’une des plus grandes mangroves d’Afrique centrale. Tout au long de ce parcours, les pressions humaines changent et le fleuve draine de nombreuses particules sédimentaires, potentiellement contaminées. Toutefois, bien qu’utile, le suivi environnemental existant repose surtout sur des images satellites et des mesures chimiques ponctuelles qui ne signalent les dommages qu’une fois qu’ils sont déjà visibles.
Cette thèse propose une autre approche combinant les indicateurs géochimiques classiques et les communautés microbiennes qui vivent dans les sédiments (bactéries, archées), invisibles à l’œil nu, elles sont présentes par milliards dans chaque gramme de vase. Ces microorganismes réagissent très vite aux changements de leur environnement : Par exemple, si un contaminant, notamment métallique, augmente, certains microorganismes disparaissent, d’autres prolifèrent. Lire ces changements de communautés microbiennes permettrait d’ajouter un outil de surveillance complémentaire pour les gestionnaires.
En étudiant trois zones du fleuve Ogooué, la région minière de Franceville-Moanda en amont, le cours principal de l’Ogooué, et les mangroves de Port-Gentil sur la côte, ce travail montre que la combinaison d’indicateurs géochimiques et d’indicateurs microbiens donne une image bien plus fine et plus précoce de l’état des écosystèmes.
Cette thèse propose des outils concrets aux gestionnaires environnementaux leur permettant d’anticiper les dégradations plutôt que de les constater Cette démarche est transférable à d’autres pays confrontés aux mêmes défis : concilier développement économique, exploitation des ressources et protection d’un patrimoine naturel.
Mots-clefs : Fleuve Ogooué, Sédiment, Métaux traces, indicateurs géochimiques, Biodiversité microbienne, Mangroves
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Chemical and microbiological inputs from the Ogooué River to its mangroves
The sediments of rivers and mangroves act as ecological reservoirs, accumulating metals from human activities (mines, industries, agriculture, cities). But this trapping is not fixed. When conditions change: climate, tides, and dredging. These metals can be released into the water, contaminate the fish, and eventually make their way to our plates.
In Gabon, the Ogooué River precisely traverses this type of situation: it originates in a mining area (manganese, gold), passes through rural and urban areas, and then flows into the Atlantic Ocean, feeding one of the largest mangroves in Central Africa. Throughout this journey, human pressures change, and the river drains numerous sedimentary particles, potentially contaminated. However, although useful, the existing environmental monitoring mainly relies on satellite images and spot chemical measurements that only indicate damage once it is already visible.
This thesis proposes another approach combining classical geochemical indicators and microbial communities living in sediments (bacteria and archaea). Invisible to the naked eye, they are present by the billions in every gram of sludge. These microorganisms react very quickly to changes in their environment: For example, if a contaminant, particularly a metallic one, increases, some microorganisms disappear while others proliferate. Reading these changes in microbial communities would provide an additional monitoring tool for managers.
By studying three areas of the Ogooué River (the mining region of Franceville-Moanda upstream, the main course of the Ogooué, and the mangroves of Port-Gentil on the coast), this work shows that the combination of geochemical indicators and microbial indicators provides a much finer and earlier picture of the state of the ecosystems.
This thesis offers concrete tools to environmental managers, enabling them to anticipate degradations rather than merely observe them. This approach is transferable to other countries facing the same challenges: reconciling economic development, resource exploitation, and the protection of a natural heritage.
Keywords: Ogooue River, Sediment, Trace metals, Geochemical index, Microbial biodiversity, Mangroves